Mit Heinrich von Mistelberg ist der Ort zwischen dem Chemmerigraben im Westen und dem Gitzer im Osten im Jahr 1321 erstmals erwähnt. Im Zehndurbar von 1664 sind die Aebi auf dem Mistelhof und die Schrag (später Lerch) an der Schattseite verzeichnet.

Der Mistelhof war im 17. Jh. ein Doppelhof der Aebi. Die erste aufgezeichnete Taufe von Wynigen ist jene von Maria Aebi, Tochter von Lorenz Aebi und Anna Hiltbrunner «1553 uff den 5, Augusti». Der Familienname Aebi hat sich auf dem Mistelhof bis heute gehalten.

Ende des 17. Jahrhunderts heiratete Peter Zurflüh von Trub Anna Aebi vom Mistelhof. Er wurde 1685 Bürger von Wynigen, baute 1708/09 das Neuhaus (heute Zaugg) und war ab 1709 Ammann von Wynigen. Im Jahr 1693 konnte Peter Zurflüh (1653 – 1733) auch den Mistelhof Ost (heute Widmer) von seinem Schwager Durs Christen-Aebi von Hellsau kaufen.

Mistelbrunnen ist eine frühe Expansion der Aebi in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts. Auch die Höfe Bühlmatt und Steinenberg - entstanden im 18. Jahrhundert am Weg zwischen Mistelhof und Hofholz - gehen auf die Verwandtschaft Aebi zurück. Der Haus Schweizerhaus ist mit 1777 datiert und erbaut über einem älteren Keller.

Mit dem Bau des Schulhauses 1845 bildete Mistelberg das jüngste Schulviertel in der Gemeinde Wynigen