Der Name Häckligen ist alemannisch und bedeutet Siedlung des Häkilo. Der Weiler befindet sich auf der Wasserscheide Kappelenbach - Oeschenbach. Der Scheidbaum beim gleichnamigen, stillgelegten Gehöft an der Kappeler-Passhöhe an der um 1870 erbauten Strasse markierte die Grenze zwischen den früheren Ämtern Burgdorf und Trachselwald.

1495 lieferte Hecklingen Naturalabgaben ans Frauenkloster Rüegsau. Im Jahr 1664 gaben die Lehensinhaber Hans und Uli Weyermann ihre Zehntgrenze Häckligen an. Das abgelegene Häckligenhüsli ist ein typisches Beispiel einer Flächenausweitung durch Rodung im 17. Jahrhundert.

In Häckligen sind 2026 noch drei Landwirtschaftsbetriebe aktiv.

1931 baute Alfred Aebi von Häckligen seine Schreinerei an die Fahrstrasse Kappelen – Schmidigen. Der Betrieb wurde 2025 nach vier Generationen eingestellt.